La classification des protistes

Ces êtres vivants étudiés par les microscopistes, constituent un règne dans la classification de Whittaker de 1969 qui en compte cinq (procaryotes, protistes, végétaux, champignons, animaux). En fonction de leur mode de nutrition, ils étaient autrefois répartis entre protozoaires appartenant au règne animal et protophytes liés au règne végétal., mais certaines formes surtout parmi les flagellés, peuvent se nourrir d'une façon ou d'une autre selon les conditions en perdant/acquérant des chloroplastes. De plus, un groupe, les myxomycètes est revendiqué par les mycologues qui étudient leurs curieuses fructifications aériennes pédonculées de quelques millimètres. Mais leur cycle comporte une longue phase amiboïde qui les place parmi les protistes et leur vaut la dénomination de mycétozoaires. D'autre part parmi les protophytes, la limite avec les formes coloniales d'algues est indistincte et donc le règne protiste chevauche le règne végétal.

Les protistes ont en commun l'organisation unicellulaire. Ils vivent en général dans le milieu aquatique ou sont parasites. Leur nombre serait de plus de 30 000 espèces.

Leur systématique varie beaucoup selon les manuels consultés. Ils comportent classiquement plusieurs embranchements assez différenciés :

Protistes fongiformes
Myxomycètes ou Eumycetozoaires	Associés parfois aux amibes, étudiés par les mycologues
Protistes à caractère végétal
Phytoflagellés ou Phytomastigophorea	Pyrrhophytes » Dinoflagellés (=péridiniens) Surtout marins Ex.: Noctiluca
	Chrysophytes
	Euglènophytes
	Diatomées ou bacillariophytes (connues pour leur coque siliceuse ornementée à 2 valves appelée frustule)
	Chlorophytes unicellulaires (Volvocales: Chlamydomonas, Volvox..., Chlorococcales, Desmidiales)
Protistes à caractère animal
Rhizopodes	amibes au sens large (libres dans eaux douces ou sol, ou parasites)
Rhizopodes	Foraminifères (marins, pouvant atteindre de grandes tailles, test calcaire à plusieurs loges)
Actinopodes	Acanthaires (marins, spicules radiaires)
	Héliozoaires (eaux douces, axopodes rayonnants)
	Radiolaires (marins, test siliceux spectaculaire)
Sporozoaires (actuellement apicomplexes) et embranchements proches (Myxozoaires, Microspora)	tous parasites Ex.: Gregarines, Plasmodium…
Zooflagellés ou Zoomastigophorea	caractérisés par un ou plusieurs flagelles; libres ex.: Choanoflagellés, symbiotes ex.: Trichomonadines ou plus souvent parasites ex.: Trypanosoma, Leishmania
Zooflagellés ou Zoomastigophorea	Opalines (parasites intestinaux pourvus de cils mais à biologie de flagellés. ex: Opalina ranarum)
Ciliés ou infusoires	Ex.: Paramécie... (eaux douces ou salées)

Pour plus d'informations et d'illustrations sur les protozoaires, consultez le cours de Thomas Ginsburger-Vogel (faculté de Nantes)

Depuis les dernières années du XXe siècle, d'une part, la systématique se veut fondée sur un arbre évolutif tentant de retracer l'histoire de la vie et d'autre part, les découvertes dans le domaine moléculaire en particulier, ont bousculé notre vision du vivant.
Cela donne de l'importance aux groupes de procaryotes . Les archéobactéries ont été mises en avant et les actinomycètes et les algues bleues réunies aux bactéries sous les noms respectivement d'actinobactéries et cyanobactéries.
La lecture du livre "Classification phylogénétique du vivant" de Guillaume Lecointre et d'Hervé Le Guyader, qui fait la synthèse des dernières conceptions en matière de systématique, m'a conduit à une nouvelle présentation de la classification:

Les protistes prennent de l'importance dans cette nouvelle vision moins hiérarchisée du vivant et moins centrée sur l'homme.
Quelques bouleversements à noter: éclatement des "flagellés" et création du groupe des Staménopiles à priori très hétérogène mais que "les phylogénies moléculaires sont unanimes à déclarer monophylétique".
Les relations phylogénétiques entre les embranchements classiques de protistes restent encore floues puisque ces auteurs ont laissés une grande multifucation au départ des Eucaryotes.